Bereits 1640 soll eine Orgel in St. Aegidii vorhanden gewesen sein. Erbauer ist unbekannt.

Aus den Kirchenannalen ist sicher belegt, dass eine Orgel für St. Aegidii von Georg Nothnagel im Jahr 1651 erbaut wurde. Sie gilt somit als älteste Orgel in der Stadt Quedlinburg.

Georg Nothnagel geboren am 22. Januar 1590 zu Stolberg und ist am 10. Januar 1665 gestorben.

Der Orgelprospekt stammt wahrscheinlich vom Quedlinburger Orgelbauer Caspar Sperling aus den Jahren 1702-1703.

Sein Vater, Nicolaus Sperling, war einst Schüler von Georg Nothnagel.

Nach vielen Umbauten, Erweiterungen und Instandsetzungen wurde die Orgel 2013 komplett überholt.